La necrosis del tejido del tomate (TPN) es una enfermedad altamente destructiva causada por especies del género y otras bacterias, lo que resulta en una reducción significativa del rendimiento del tomate. Los miembros del género son microorganismos beneficiosos ampliamente estudiados en la rizosfera. Sin embargo, en la mayoría de los casos, el potencial de los miembros para controlar el TPN y su impacto en la composición microbiana de la rizosfera rara vez se estudia. En este estudio, ZN-S10 inhibió significativamente el crecimiento de ZJUP0398-2, y ZN-S10 controló el TPN con eficacias de control del 60.31%. ZJUP0398-2 alteró significativamente la riqueza y diversidad de la comunidad rizobacteriana del tomate, pero la preinoculación con ZN-S10 mitigó estos cambios. El análisis de correlación reveló que ZN-S10 puede inhibir el crecimiento de bacterias fijadoras de nitrógeno y reclutar comunidades bacterianas beneficiosas asociadas con la resistencia a enfermedades, suprimiendo así la aparición de enfermedades. En resumen, se realizó un análisis comparativo del microbioma de la rizosfera para explorar el impacto de ZN-S10 en la composición de microorganismos de la rizosfera en presencia de bacterias patógenas, con el objetivo de proporcionar información para futuras investigaciones y el desarrollo de estrategias de control científicas y ecológicas para esta enfermedad.