Muchas personas en todo el mundo luchan con el problema de un suministro insuficiente de yodo (I) y selenio (SE) en su dieta. Los alimentos enriquecidos con estos elementos son una buena fuente de yodo y selenio. Los jugos hechos a partir de cuatro cultivares de zanahoria (CJ) y biofortificados con yodo y selenio (BCJs) fueron investigados para determinar sus contenidos de I y Se, su impacto en el suministro de estos elementos a la dieta y las pérdidas en el proceso de producción. También se determinaron otros parámetros importantes para la salud de los consumidores en el jugo. Se observó un aumento significativo en el contenido de I y Se en relación con CJ para cada BCJ. Las pérdidas de I y Se (en relación con la materia prima) durante la preparación del jugo dependían de la variedad y los elementos añadidos. La biofertilización de zanahorias con yodo y selenio contribuyó a la disminución de los contenidos de materia seca, sólidos solubles totales, proteínas, azúcares y beta-caroteno en los jugos y a una menor actividad antioxidante en comparación con CJ. La biofortificación tuvo poco efecto en el color y el pH de los jugos. Finalmente, se identificaron y determinaron seis compuestos polifenólicos. A pesar de la reducción en el contenido de algunos ingredientes en BCJ, siguen siendo una fuente valiosa. Su valor añadido es el aumento del contenido de yodo y selenio, que cubren en gran medida la demanda diaria de estos elementos.