Las colecciones temáticas (CT), que están compuestas por genotipos con rasgos agronómicos superiores y tamaño reducido, ofrecen oportunidades valiosas para la selección parental en programas de mejoramiento de plantas. Se crearon tres CT para centrarse en atributos cruciales: rendimiento de raíz (CC_Rendimiento), resistencia a plagas y enfermedades (CC_Enfermedad) y rasgos de calidad de raíz (CC_Calidad_raíz). Los genotipos fueron clasificados utilizando el método de los mejores predictores lineales no sesgados (BLUP), y se implementó una selección truncada para cada colección basada en rasgos específicos. Las CT mostraron una superposición mínima, con cada colección compuesta por 72 genotipos (CC_Enfermedad), 63 genotipos (CC_Calidad_raíz) y 64 genotipos (CC_Rendimiento), representando el 4%, 3.5% y 3.5% del total de individuos en toda la colección, respectivamente. Los valores del Índice de Diversidad de Shannon-Weaver variaron generalmente, pero se mantuvieron por debajo del 10% en comparación con toda la colección. La mayoría de las CT mostraron heterocigosidad observada, diversidad genética y el coeficiente de endogamia que se asemejaban estrechamente a los de toda la colección, reteniendo efectivamente el 90.76%, 88.10% y 88.99% de los alelos presentes en toda la colección (CC_Enfermedad, CC_Calidad_raíz y CC_Enfermedad, respectivamente). Un PCA de datos moleculares y agro-morfológicos reveló genotipos bien distribuidos y dispersos, mientras que un análisis discriminante de componentes principales (DAPC) mostró una alta capacidad de discriminación entre los accesos dentro de cada colección. Las estrategias empleadas en este estudio tienen un potencial significativo para avanzar en los esfuerzos de mejora de cultivos.