En los últimos años, el número de informes en asociación con avellanas ha ido en aumento a nivel mundial, relacionado tanto con la aptitud patogénica como con la ocurrencia endofítica. Sin embargo, la evaluación del verdadero papel ecológico y relevancia para la salud de las plantas de estos hongos se ha visto obstaculizada por la incertidumbre en la identificación de especies, derivada tanto de la estructura taxonómica en evolución del género como de un uso inexacto de marcadores moleculares. En este artículo, se informa sobre la caracterización de dos cepas endofíticas de avellana aisladas en Polonia con referencia a sus perfiles de metabolitos secundarios e interacciones con plagas y patógenos. Nuestros resultados son indicativos de un posible papel de estas cepas en mutualismo defensivo que podría estar relacionado con la producción de varios compuestos bioactivos, especialmente ciclohexpéptidos de la familia de enniatina. Al mismo tiempo, estas propiedades bioquímicas generan cierta preocupación por la posible contaminación por micotoxinas de los productos de avellana.