GeneToList: Una Aplicación Web para Asistir con Identificadores de Genes para el Científico No Familiarizado con la Bioinformática
Autores: Breidenbach, Joshua D.; Begue III, E. Francis; Kennedy, David J.; Haller, Steven T.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
GeneToList: Una Aplicación Web para Asistir con Identificadores de Genes para el Científico No Familiarizado con la Bioinformática
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Tecnologías ómicas
Investigación biomédica
Genómica
Conversión de ID de genes
Nomenclatura de genes
GeneToList
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 17
Citaciones: Sin citaciones
La creciente incorporación de tecnologías ómicas en la investigación biomédica y la medicina traslacional presenta desafíos para los usuarios finales de los grandes y complejos conjuntos de datos generados por estos métodos. Un desafío particular en genómica es que la nomenclatura de los genes no es uniforme entre las grandes bases de datos genómicas o entre las herramientas de análisis genético comúnmente utilizadas. Además, la nomenclatura genómica desactualizada aún se puede encontrar entre las comunicaciones científicas, incluidos los manuscritos revisados por pares. Por lo tanto, se desarrolló una aplicación web (GeneToList) para ayudar en la conversión de ID de genes y la coincidencia de alias, con un enfoque específico en lograr una interfaz fácil de usar para el científico que no es experto en bioinformática. Actualmente incluye información sobre genes de más de 38,000 taxones diferentes recuperados del recurso Gene del Centro Nacional de Biotecnología e Información (NCBI). Las bases de datos de ID de genes compatibles incluyen Símbolos de Genes NCBI, IDs de Genes NCBI (IDs de Entrez), IDs de OMIM, IDs de HGNC, IDs de Ensembl y 28 identificadores específicos de taxones adicionales. GeneToList está disponible en genetolist.com. La herramienta es una aplicación web que es compatible con muchos navegadores estándar. Se encontró que la función de conversión de ID de genes de esta aplicación superaba a las herramientas comunes de conversión de ID de genes. Específicamente, pudo convertir con éxito todos los IDs probados, mientras que las otras no pudieron reconocer los alias de los genes. Por lo tanto, la desambiguación de ID de genes proporcionada por esta aplicación debería ser beneficiosa para muchos científicos que trabajan con datos de genes cuando la uniformidad de la nomenclatura de genes es importante para el análisis posterior.
Descripción
La creciente incorporación de tecnologías ómicas en la investigación biomédica y la medicina traslacional presenta desafíos para los usuarios finales de los grandes y complejos conjuntos de datos generados por estos métodos. Un desafío particular en genómica es que la nomenclatura de los genes no es uniforme entre las grandes bases de datos genómicas o entre las herramientas de análisis genético comúnmente utilizadas. Además, la nomenclatura genómica desactualizada aún se puede encontrar entre las comunicaciones científicas, incluidos los manuscritos revisados por pares. Por lo tanto, se desarrolló una aplicación web (GeneToList) para ayudar en la conversión de ID de genes y la coincidencia de alias, con un enfoque específico en lograr una interfaz fácil de usar para el científico que no es experto en bioinformática. Actualmente incluye información sobre genes de más de 38,000 taxones diferentes recuperados del recurso Gene del Centro Nacional de Biotecnología e Información (NCBI). Las bases de datos de ID de genes compatibles incluyen Símbolos de Genes NCBI, IDs de Genes NCBI (IDs de Entrez), IDs de OMIM, IDs de HGNC, IDs de Ensembl y 28 identificadores específicos de taxones adicionales. GeneToList está disponible en genetolist.com. La herramienta es una aplicación web que es compatible con muchos navegadores estándar. Se encontró que la función de conversión de ID de genes de esta aplicación superaba a las herramientas comunes de conversión de ID de genes. Específicamente, pudo convertir con éxito todos los IDs probados, mientras que las otras no pudieron reconocer los alias de los genes. Por lo tanto, la desambiguación de ID de genes proporcionada por esta aplicación debería ser beneficiosa para muchos científicos que trabajan con datos de genes cuando la uniformidad de la nomenclatura de genes es importante para el análisis posterior.