En regiones en desarrollo y que enfrentan sequías recurrentes, aumentar el área de agricultura irrigada puede crear una disrupción adicional en la gestión de los recursos hídricos. El presente estudio se centró en tres subcuencas fluviales con la mayor intensidad agrícola (S. Miguel, Ribeira Seca y S. Domingos) en la isla de Santiago (Cabo Verde). Se seleccionaron conjuntos de pozos para evaluar la influencia de la salinización y las prácticas agrícolas en la hidroquímica. Esta evaluación se realizó utilizando datos de la bibliografía (2003) y una campaña reciente (2016). La química del agua indica una menor mineralización en la subcuenca de S. Miguel. Los nitratos y nitritos, típicamente asociados con la contaminación difusa, están presentes en todas las subcuencas, pero con patrones variables. Además, las aguas de cloruro de sodio ocurren en las tres subcuencas, especialmente en las más cercanas a la costa. A su vez, se identificó una facies de bicarbonato-magnesio en S. Domingos, en el punto más alejado de la costa, lo que indica un control geológico. La comparación entre los dos períodos sugiere una disminución en la calidad del agua. La creciente extensión del área de riego asociada con la aridez debería intensificar la salinización del suelo ya observada. Así, la presente revisión destaca la importancia estratégica del monitoreo del agua a nivel de cuenca como una herramienta de gestión para la preservación de recursos en regiones insulares áridas y en desarrollo.