La rápida aparición de la Inteligencia Artificial Generativa (GenAI) ha suscitado un creciente debate sobre sus implicaciones éticas, metodológicas y epistemológicas para la investigación cualitativa. Este estudio tuvo como objetivo examinar y comprender profundamente las percepciones de los investigadores sobre el uso de herramientas de GenAI en diferentes fases del proceso de investigación cualitativa. El estudio involucró una muestra de 214 investigadores de diversas áreas disciplinarias, con publicaciones indexadas en Web of Science o Scopus que aplican métodos cualitativos. La recolección de datos se llevó a cabo utilizando un cuestionario abierto, y el análisis se realizó mediante procedimientos de codificación y análisis temático, lo que nos permitió identificar patrones de percepción, experiencias de los usuarios y barreras. Los hallazgos muestran que, si bien se valora a GenAI por su capacidad para optimizar tareas como la organización de corpus, la codificación inicial, la transcripción, la traducción y la síntesis de información, su implementación plantea preocupaciones sobre la privacidad, el consentimiento, la autoría, la fiabilidad de los resultados y la pérdida de profundidad interpretativa. Además, se observa un ecosistema dual, donde algunos investigadores ya lo incorporan, principalmente asistentes de texto generativos como ChatGPT, mientras que otros aún no lo utilizan o no están familiarizados con él. En general, los resultados sugieren que el camino más sólido es un modelo asistido, respaldado por marcos éticos claros, directrices metodológicas adaptadas y formación crítica para un uso responsable y humanista.