El comercio de animales favorece la propagación de patógenos emergentes y reemergentes. Se han expresado preocupaciones anteriormente sobre los riesgos del comercio de perros en la propagación de patógenos zoonóticos en Nigeria. Sin embargo, el papel de estos perros en la diseminación de virus caninos altamente patogénicos aún no se ha explorado. El presente estudio tuvo como objetivo identificar virus caninos seleccionados en perros comercializados para el consumo de carne en Nigeria. Se examinaron un total de 100 muestras de sangre en busca de protoparvovirus de carnívoros-1 (CPPV-1), adenovirus canino 1/2 (CAdV-1/2), circovirus canino (CaCV) y virus del moquillo canino (CDV) utilizando PCR en tiempo real y PCR convencional y/o secuenciación. Se identificó ADN de CPPV-1 en el 83% de las muestras caninas, mientras que se detectaron ADN de CaCV y ARN de CDV en el 14% y 17% de las muestras de perros, respectivamente. Ninguno de los perros dio positivo para CAdV-1/2. Los CaCV identificados en este estudio se agruparon junto con otras cepas europeas, asiáticas y americanas. Además, las cepas de CDV identificadas en Nigeria se agruparon en una línea separada con la relación genética más cercana al clado Europa-Sudamérica-1. Se requieren más encuestas antes y después de la llegada de los perros a los puntos de sacrificio para aclarar la verdadera carga viral en estos animales.