Este estudio describe el establecimiento de un nuevo sistema de vigilancia pasiva para monitorear enfermedades en murciélagos en Hungría y reporta los primeros resultados científicos obtenidos utilizando este enfoque. Revisamos retrospectivamente especímenes de murciélagos recolectados durante seis años para evaluar la presencia de virus con potencial zoonótico en Europa. Se detectó el virus de la rabia en murciélagos serotinos, mientras que todas las muestras dieron negativo para el virus Lloviu, el único filovirus conocido que circula enzoóticamente en Europa. Estos hallazgos proporcionan nuevas perspectivas sobre los esfuerzos de vigilancia viral en curso y destacan la importancia de la revisión sistemática retrospectiva en las poblaciones de murciélagos europeos.