El cadmio (Cd) se encuentra entre las principales preocupaciones de salud en el mundo, ya que hace que los suelos sean inadecuados e inseguros para la producción de alimentos y piensos. La fitoremediación tiene el potencial de remediar suelos contaminados con Cd, pero aún se necesitan esfuerzos para desarrollar una comprensión profunda de los procesos subyacentes. En este estudio, realizamos un análisis exhaustivo de la respuesta de las raíces al estrés por Cd en , que puede fitostabilizar Cd, y en , que es un hiperacumulador de Cd. Se analizaron datos de RNA-seq adecuados mediante WGCNA para identificar módulos de genes coexpresados específicamente asociados con la presencia de Cd. Los resultados evidenciaron que los genes del hiperacumulador que más se asociaron con la presencia de Cd están finamente regulados (regulados al alza y a la baja) y relacionados con una respuesta general a estímulos químicos y otros. Además, en el caso de , que puede fitostabilizar metales, los genes regulados al alza durante el estrés por Cd están relacionados con una respuesta general a estímulos químicos y otros, mientras que los genes regulados a la baja están asociados con funciones que, al afectar el crecimiento y desarrollo de las raíces, determinan una profunda modificación del órgano tanto a nivel celular como fisiológico. Además, se identificaron y confirmaron genes clave de los módulos asociados al Cd mediante la detección de genes expresados diferencialmente (DEG) y conocimiento externo. En conjunto, funciones y genes clave arrojan luz sobre las diferencias y similitudes entre las estrategias que las plantas utilizan para hacer frente al Cd y pueden considerarse como posibles objetivos para futuras investigaciones.