Los pasos de fauna se implementan en muchos países para facilitar la dispersión de animales entre hábitats fragmentados por carreteras. Sin embargo, la eficacia de los diferentes tipos de corredores de hábitat sigue siendo poco comprendida. Utilizamos un régimen de muestreo integral en dos áreas de bosque de dipterocarpus en las tierras bajas de Malasia peninsular para muestrear pares de individuos de mamíferos pequeños en tres tipos de tratamiento: (1) sitios de viaducto, en los que las ubicaciones de muestreo estaban separadas por una carretera pero conectadas por un viaducto vegetado; (2) sitios sin viaducto, en los que las ubicaciones de muestreo estaban separadas por una carretera y no conectadas por un viaducto; y (3) sitios de control, en los que no había carretera que fragmentara el bosque. Para cuatro especies de mamíferos pequeños, el tupayo común, la rata espinosa de Rajah, la rata espinosa de Whitehead y la rata arbórea de cola oscura, utilizamos marcadores genómicos para evaluar la diversidad genética, el flujo de genes y la estructura genética. Las diferencias en la distancia genética entre los entornos de muestreo entre las cuatro especies indican que responden de manera diferente a la presencia de carreteras y viaductos. Los viaductos que conectan bosques separados por carreteras parecen mantener una mayor conectividad poblacional que los fragmentos de bosque sin viaductos, al menos en, pero aparentemente no en las otras especies.