Los consumidores son cada vez más propensos a solicitar información sobre los sistemas de producción de los alimentos que compran. Para este propósito, son necesarias metodologías de certificación y autenticación no solo para proteger las elecciones de los consumidores, sino también para proteger a los productores y los sistemas de producción. El objetivo de este trabajo preliminar fue autenticar el sistema de pastoreo de cabras lecheras utilizando análisis de espectroscopía de infrarrojo cercano (NIRS) de la leche y las heces de los animales. Se utilizó información espectral y varios pretratamientos matemáticos para el desarrollo de seis modelos discriminantes basados en diferentes algoritmos para muestras de leche y heces. Los resultados mostraron que los espectros NIRS de ambos tipos de muestras presentaron algunas diferencias al comparar los dos regímenes de alimentación. Por lo tanto, se obtuvieron buenas tasas de discriminación con ambas estrategias (muestras de heces y leche), con porcentajes de clasificación de hasta un 100% de efectividad. La discriminación del régimen de alimentación y la autenticación del pastoreo basada en el análisis NIRS de muestras de leche y una muestra alternativa como las heces se considera un enfoque potencial para la producción de cabras lecheras y rumiantes pequeños.