La caña de azúcar (spp.), un cultivo crítico para la producción de azúcar y bioenergía, enfrenta desafíos en la mejora genética debido a la limitada diversidad genética derivada de la cría selectiva. La ampliación de los recursos genéticos a través de la hibridación intergenérica, particularmente con , ofrece una vía prometedora para introducir rasgos como resistencia al estrés y alta productividad de biomasa. Sin embargo, la verificación de híbridos verdaderos sigue siendo un desafío con los métodos morfológicos tradicionales. Este estudio empleó la PCR-ARMS de tetra-primer y la hibridación in situ genómica (GISH) para identificar con precisión híbridos intergenéricos entre y . Se diseñaron cebadores específicos de especie basados en SNPs en la región nrDNA-ITS para la PCR-ARMS, lo que permitió una diferenciación efectiva de los genotipos parentales e híbridos, mientras que la GISH confirmó la composición cromosómica de los híbridos, revelando un patrón de herencia n + n. Los resultados demostraron el potencial de para mejorar el perfilado y la longitud de las hojas de la caña de azúcar, aunque el contenido de sacarosa fue menor en los híbridos, lo que sugiere la necesidad de mayores esfuerzos de cría. Este estudio contribuye de manera única a la cría de caña de azúcar al proporcionar un método efectivo para la verificación de híbridos y sentar las bases para incorporar genes beneficiosos en los cultivares de caña de azúcar.