Italia es uno de los principales productores y procesadores de tomate y es considerado un centro secundario de diversidad. En algunas áreas, como la región de Campania (sur de Italia), todavía se cultivan una variedad de razas locales tradicionales de tomate. La distinción de este germoplasma patrimonial a menudo se basa solo en la taxonomía popular y se necesita una definición y comprensión más completa de su identidad genética. En este trabajo, comparamos un conjunto de 15 razas locales (representativas de tipos tradicionales de frutas) con 15 variedades contemporáneas ampliamente utilizadas, utilizando 14 marcadores fluorescentes de Repeticiones Simples en Tándem (SSR). Cada uno de los accesos poseía un perfil molecular único y en general, las razas locales tenían una diversidad genética comparable a la de las variedades contemporáneas. El análisis de diversidad genética, multivariante y de estructura de población separó todos los genotipos según los grupos predefinidos, indicando una mezcla muy reducida y la presencia de una población diferenciada (regional) de razas locales. Nuestro trabajo proporciona evidencia sólida para implementar acciones de conservación y allana el camino para la creación de una marca regional premium que vaya más allá de los nombres individuales de las razas locales de la región de Campania conocidos en todo el mundo.