La comunidad fúngica del suelo juega un papel importante en determinar el crecimiento y la salud de las plantas. En este estudio, investigamos la diversidad fúngica y la composición de la comunidad en las raíces y el suelo de 21 cultivares de patata utilizando secuenciación de alto rendimiento en tres momentos diferentes a lo largo de la temporada de crecimiento. En suelo y raíces, la riqueza fúngica y la abundancia relativa de patógenos y saprótrofos fueron principalmente afectadas por el momento de muestreo. Mientras que el momento de muestreo afectó la composición fúngica en el suelo, las comunidades fúngicas de las raíces también fueron significativamente afectadas por el cultivar. El cultivar tuvo el efecto más fuerte en la diversidad de patógenos y la abundancia de especies de patógenos particulares. Nuestros resultados demuestran cambios en las comunidades fúngicas del suelo y las raíces de la patata a lo largo de la temporada de crecimiento, así como resaltan la importancia del cultivar de patata en las comunidades fúngicas de las raíces y la abundancia de patógenos.