Dos variantes de secuencia de rDNA ITS1 intraindividuales identificadas en las poblaciones femeninas y masculinas de Alabama
Autores: Nyaku, Seloame T.; Karapareddy, Sowndarya; Cebert, Ernst; Lawrence, Kathy; Eleblu, John S. Y.; Sharma, Govind C.; Sripathi, Venkateswara R.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Dos variantes de secuencia de rDNA ITS1 intraindividuales identificadas en las poblaciones femeninas y masculinas de Alabama
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Nematodo reniforme parásito de plantas
Algodón
Granjas de Alabama
Región ITS1
Dinámica poblacional
Fragmentos secuenciados
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 7
Citaciones: Sin citaciones
Alrededor de 300 especies de plantas diferentes están infectadas por el nematodo reniforme parásito de plantas, incluyendo el algodón. Este es un nematodo devastador con preferencia por el algodón; se encuentra comúnmente en las granjas de Alabama y causa una severa reducción en los rendimientos. Su primera región de espaciador transcrito interno (ITS1) puede ser secuenciada, y se pueden encontrar mutaciones potenciales para estudiar la dinámica poblacional del nematodo reniforme. El objetivo de nuestro estudio fue secuenciar la región ITS1 del ADNr en nematodos reniformes masculinos y femeninos que fueron recolectados de los lugares de BelleMina, Hamilton y Lamons en Alabama. Después de separar los nematodos reniformes masculinos y femeninos de las muestras recolectadas de los tres sitios seleccionados mencionados anteriormente, la región ITS1 se amplificó selectivamente utilizando cebadores específicos, y los productos resultantes fueron clonados y secuenciados. Se observaron dos bandas distintas después de la amplificación de ADN de nematodos masculinos y femeninos a 550 pb y 730 pb, respectivamente. El análisis de los fragmentos secuenciados entre las tres poblaciones mostró variación en las frecuencias nucleotídicas promedio de los nematodos reniformes femeninos y masculinos. Los singleton dentro de las poblaciones femeninas y masculinas de Hamilton variaron del 7.8% al 10%, y los sitios variables variaron del 13.4% al 26%. Sin embargo, las poblaciones femeninas y masculinas de BelleMina tuvieron singletons que variaron del 7.1% al 19.7% y regiones variables en el rango del 13.9% al 49.3%. Las poblaciones femeninas y masculinas de Lamons tuvieron singletons que variaron del 2.5% al 8.7% y regiones variables en el rango del 2.9% al 14.2%. El análisis filogenético (neighbor-joining) para los dos fragmentos ITS1 (ITS-550 e ITS-730) mostró una variabilidad intra-nematodal relativamente alta. Diferentes secuencias de clones de un nematodo individual a menudo tenían mayor similitud con otros nematodos que con sus propias secuencias. El análisis de plegado de ARN de las secuencias ITS1 reveló estructuras de tallo y lazo variadas, sugiriendo tanto regiones conservadas como variables en las variantes identificadas de los nematodos reniformes femeninos y masculinos, subrayando así la presencia de una variación intra e inter-nematodal significativa entre las poblaciones de nematodos reniformes en Alabama.
Descripción
Alrededor de 300 especies de plantas diferentes están infectadas por el nematodo reniforme parásito de plantas, incluyendo el algodón. Este es un nematodo devastador con preferencia por el algodón; se encuentra comúnmente en las granjas de Alabama y causa una severa reducción en los rendimientos. Su primera región de espaciador transcrito interno (ITS1) puede ser secuenciada, y se pueden encontrar mutaciones potenciales para estudiar la dinámica poblacional del nematodo reniforme. El objetivo de nuestro estudio fue secuenciar la región ITS1 del ADNr en nematodos reniformes masculinos y femeninos que fueron recolectados de los lugares de BelleMina, Hamilton y Lamons en Alabama. Después de separar los nematodos reniformes masculinos y femeninos de las muestras recolectadas de los tres sitios seleccionados mencionados anteriormente, la región ITS1 se amplificó selectivamente utilizando cebadores específicos, y los productos resultantes fueron clonados y secuenciados. Se observaron dos bandas distintas después de la amplificación de ADN de nematodos masculinos y femeninos a 550 pb y 730 pb, respectivamente. El análisis de los fragmentos secuenciados entre las tres poblaciones mostró variación en las frecuencias nucleotídicas promedio de los nematodos reniformes femeninos y masculinos. Los singleton dentro de las poblaciones femeninas y masculinas de Hamilton variaron del 7.8% al 10%, y los sitios variables variaron del 13.4% al 26%. Sin embargo, las poblaciones femeninas y masculinas de BelleMina tuvieron singletons que variaron del 7.1% al 19.7% y regiones variables en el rango del 13.9% al 49.3%. Las poblaciones femeninas y masculinas de Lamons tuvieron singletons que variaron del 2.5% al 8.7% y regiones variables en el rango del 2.9% al 14.2%. El análisis filogenético (neighbor-joining) para los dos fragmentos ITS1 (ITS-550 e ITS-730) mostró una variabilidad intra-nematodal relativamente alta. Diferentes secuencias de clones de un nematodo individual a menudo tenían mayor similitud con otros nematodos que con sus propias secuencias. El análisis de plegado de ARN de las secuencias ITS1 reveló estructuras de tallo y lazo variadas, sugiriendo tanto regiones conservadas como variables en las variantes identificadas de los nematodos reniformes femeninos y masculinos, subrayando así la presencia de una variación intra e inter-nematodal significativa entre las poblaciones de nematodos reniformes en Alabama.