El síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) ha tenido una propagación mundial desde su aparición en 2019, incluyendo Líbano, donde se han reportado 534,968 casos confirmados (8% de la población) y 7569 muertes hasta el 14 de mayo de 2021. Con la secuenciación del genoma de cepas de varios países, se establecieron varios sistemas de clasificación a través de la comparación del genoma. Por ejemplo, la clasificación de clados de GISAID destaca mutaciones clave en las proteínas codificadas que podrían afectar potencialmente la infectividad y las tasas de transmisión del virus. En este estudio, se analizaron 58 genomas de cepas de SARS-CoV-2 libanesas, 28 de las cuales fueron secuenciadas para este estudio, y 30 recuperadas de las bases de datos de GISAID y GenBank. Nuestro objetivo fue clasificar estas cepas, establecer sus relaciones filogenéticas y extraer las mutaciones que causan sustituciones de aminoácidos en, particularmente, las proteínas estructurales. Las cepas de SARS-CoV-2 libanesas secuenciadas se clasificaron en cuatro clados de GISAID y 11 linajes de Pango. Además, se encontraron 21 mutaciones poco comunes en las proteínas estructurales en las cepas recién secuenciadas, subrayando combinaciones interesantes de mutaciones en las proteínas de pico. Por lo tanto, este estudio constituye una observación y descripción de la situación genética y de clados actual del SARS-CoV-2 en Líbano según las cepas secuenciadas disponibles.