La papa (L.) es el tercer cultivo de plantas más común en el mundo. Muchos estudios, como aquellos que utilizan la selección asistida por marcadores (MAS), se dedican a la evaluación genómica de la papa. Sin embargo, la composición de nucleótidos de algunos marcadores aún no ha sido descrita, y algunas regiones del genoma siguen siendo desconocidas. Por lo tanto, se requiere el desarrollo de nuevos sistemas de marcadores para una selección genética adicional. El secuenciamiento de genomas completos y la búsqueda de variantes estructurales (SVs) deberían desarrollar aún más los estudios genéticos moleculares del cultivo de papa. En este artículo, mostraremos los primeros resultados de nuestros estudios de las tres variedades retrocruzadas Alaska, Argo y Shah, que fueron seleccionadas para el secuenciamiento. Alaska es una variedad patentada con resistencia confirmada a patógenos, mientras que Argo y Shah son variedades nuevas y prometedoras. Secuenciamos los genomas de estas variedades utilizando una plataforma de nanoporos. Como resultado, identificamos más de 24,000 variantes estructurales auténticas con longitudes que varían de 4 pb a 100 Mbp. Se encontró que la deleción es el tipo más común de variante estructural en el genoma y los genes. La mayoría de las SVs se encuentran en regiones no codificantes, incluidos los intrones. Sin embargo, un cuarto de los genes de las variedades secuenciadas tienen algunas mutaciones cromosómicas. Algunos genes responsables de la resistencia al estrés abiótico y a los patógenos se duplicaron, mientras que se eliminaron genes de polimerización de ácidos nucleicos y algunas proteínas metabólicas.