Los baños de pies que contienen desinfectantes se utilizan en las granjas lecheras para reducir la propagación de la dermatitis digital; sin embargo, comúnmente se contaminan con estiércol. Este ensayo investigó las propiedades físicas y la composición microbiana del estiércol de vacas lecheras de dos sistemas de producción y examinó si la fuente de estiércol impactaba la eficacia de los desinfectantes para baños de pies. Se recolectó estiércol de dieciocho vacas lecheras, nueve alojadas y alimentadas con silo de hierba (ALOJADAS) y nueve en pastoreo (PASTO). Se determinó el pH y el contenido de materia seca, se extrajo ADN total y se secuenció la región v3-v4 del gen 16s rRNA. Se evaluó la eficacia del formaldehído y de dos productos de ensayo (TP1: ácido peracético y peróxido de hidrógeno; TP2: clorocresol y triamina) cuando se mezclaron con estiércol de los dos sistemas de producción. Se encontraron diferencias en el sistema de producción en el contenido de materia seca del estiércol, el microbioma bacteriano y la eficacia de ambos productos de baño de pies de ensayo, pero no del formaldehído. Las propiedades del estiércol afectaron los resultados de las pruebas de laboratorio y, por lo tanto, tienen el potencial de influir en la eficacia de los desinfectantes para baños de pies cuando los baños de pies están contaminados con estiércol. Una investigación adicional sobre el impacto de los contaminantes orgánicos en la eficacia de los desinfectantes podría facilitar el desarrollo de programas de prueba mejorados y productos desinfectantes.