Los camarones peneidos, con sus genomas enriquecidos en repeticiones en tándem cortas (STRs), presentan un modelo ideal para estudiar la distribución y las funciones biológicas de los STRs. En este estudio, identificamos y comparamos sistemáticamente los STRs en varias especies, encontrando que los camarones peneidos exhiben una prevalencia notablemente mayor de STRs en comparación con otros grupos, como mamíferos y plantas. Un análisis posterior de una cohorte de 326 camarones blancos del Pacífico identificó 672,507 STRs de alta calidad, que estaban distribuidos uniformemente a lo largo del genoma, con una frecuencia notablemente más baja de SNPs dentro de estas regiones. Nuestras análisis muestran que ciertos STRs, particularmente aquellos ricos en bases A/T, están significativamente asociados con el peso corporal. Un hallazgo notable es la asociación de un STR en la región de empalme del gen de la proteína de citoquinesis 7-like con variaciones en el peso corporal. Este STR no solo se correlaciona negativamente con el peso corporal, sino que también demuestra una expresión diferencial relacionada con este rasgo. Estos resultados proporcionan valiosos conocimientos sobre los mecanismos genéticos que regulan el crecimiento en los camarones y sugieren posibles marcadores para programas de cría destinados a mejorar la productividad de la acuicultura. Además, nuestro estudio introduce un modelo para la regulación del número de copias de STR en especies no humanas, contribuyendo a una comprensión más amplia del impacto de los STRs en rasgos complejos en animales agrícolas.