Los efectos de las sequías extremas en los peces de agua dulce siguen siendo desconocidos a nivel mundial. En este trabajo, estimamos el factor de condición, una medida de aptitud relativa basada en la relación entre el peso corporal y la longitud, en cuatro especies de peces que representan dos niveles tróficos (omnívoros y piscívoros) de lagos de la llanura aluvial amazónica durante tres años consecutivos: 2004, 2005 (un año de sequía anómala) y 2006. Los dos omnívoros, Colossoma macropomum y Mylossoma duriventre, mostraron tendencias consistentes con sus ciclos de vida en 2004 y 2006: valores altos durante las temporadas hidrológicas de pleamar, reflujo y estiaje, con un descenso tras la reproducción tras el inicio del ascenso del agua. Sin embargo, durante la sequía de 2005, el factor de condición fue mucho menor de lo normal durante las temporadas de reflujo y estiaje, probablemente como resultado de una reducción anormal en la disponibilidad de recursos en un hábitat reducido. Las dos pirañas piscívoras, Serrasalmus spilopleura y S. elongatus, mantuvieron valores relativamente estables del factor de condición a lo largo de los ciclos hidrológicos de los tres años, sin efecto aparente de la sequía, probablemente porque la reducción del hábitat se ve contrarrestada por el consiguiente aumento de la densidad relativa de presas. Sugerimos que, si las predicciones de un aumento de la sequía en la Amazonía son correctas, las especies depredadoras podrían beneficiarse, al menos a corto plazo, mientras que las omnívoras podrían verse afectadas negativamente.