es uno de los patógenos fúngicos más importantes, causando enfermedades foliares y llevando a pérdidas severas en el rendimiento de los cacahuetes (L.) en China. Se han identificado dos fenotipos principales de lesiones del manchado web del cacahuete como tipo reticulación (tipo R) y tipo mancha (tipo B). Como no hay un genoma de referencia satisfactorio disponible, las variaciones genómicas y los factores de patogenicidad de permanecen por revelar. En el presente estudio, recolectamos 41 aislados de 26 ubicaciones geográficas en toda China (33 para el tipo R y 8 para el tipo B). El genoma a escala cromosómica del aislado más virulento (YY187) se ensambló como referencia utilizando tecnologías PacBio y Hi-C. Además, re-secuenciamos 40 aislados de diferentes sitios de muestreo. Los alineamientos a nivel genómico mostraron una alta similitud entre las secuencias genómicas de los 40 aislados, con una tasa de mapeo promedio del 97.38%. Se identificaron un promedio de 3242 SNPs y 315 InDels en el análisis de variación genómica, lo que reveló un polimorfismo intraespecífico en . El análisis comparativo de los aislados más y menos virulentos generó un conjunto de genes integrado que contiene 512 genes diferenciales. Además, 225 genes albergaban individualmente o simultáneamente hits en CAZy-base, PHI-base, DFVF, etc. En comparación con la referencia del tipo R, los conjuntos de genes diferenciales de todos los aislados del tipo B identificaron 13 genes compartidos potencialmente relacionados con el fenotipo de lesión. Nuestros resultados revelan la variación genómica intraespecífica de los aislados y los factores de patogenicidad potencialmente relacionados con diferentes fenotipos de lesión. Este trabajo establece una base genómica para comprender los mecanismos detrás de la diversidad genómica que impulsa diferentes fenotipos patogénicos de .