La poliploidia es un poderoso mecanismo que impulsa cambios genéticos, fisiológicos y fenotípicos entre los citotipos de la misma especie en escalas geográficas tanto grandes como pequeñas. Estos cambios pueden moldear significativamente la estructura poblacional y aumentar el potencial evolutivo y de adaptación de los citotipos. Una especie esteno-endémica edáfica con una distribución estrecha en la Península Balcánica sirve como un caso de estudio intrigante. Realizamos un análisis exhaustivo de la diversidad genética y la estructura poblacional a lo largo del rango de la especie, empleando una variedad de técnicas genéticas (microsatélites nucleares, polimorfismos de longitud de fragmentos amplificados y secuencias de ADN plastidial), citometría de flujo (FCM), morfometría y análisis de polen. El estudio revela dos linajes genéticos: citotipos diploides y tetraploides distribuidos espacialmente. Se mostró una clara divergencia entre diploides y tetraploides mediante AFLP, mientras que las secuencias de ADN plastidial confirmaron haplotipos privados en cada una de las poblaciones estudiadas. Se documentó una mayor diversidad genética y riqueza alélica siguiendo el patrón norte-sur en los tetraploides en comparación con los diploides, como lo indican los microsatélites nucleares. El análisis morfométrico a través del análisis de componentes principales (PCA) y el análisis discriminante canónico (CDA) no reveló ninguna divergencia entre los citotipos diploides y tetraploides. No obstante, se observó claramente una distinción en el tamaño del polen. Los resultados sugieren un origen autoploide de los tetraploides a partir de ancestros diploides. A pesar de la fragmentación poblacional en un rango geográfico muy pequeño, estas poblaciones albergan una alta diversidad genética, lo que les permitiría mantenerse estables si los procesos naturales permanecen sin perturbaciones.