Las variaciones naturales que confieren tolerancia a la sal (ST) son de gran valor para la cría de variedades de arroz tolerantes a la sal. Los principales genes, incluyendo , , y , han sido identificados para contener o estar asociados con un polimorfismo de nucleótido único (SNP) específico. Sin embargo, la distribución y efectos genéticos de esos genes en los cultivares de arroz siguen siendo poco comprendidos. Aquí, investigamos la distribución de siete genes clonados, incluyendo (P140A, R184H), (A530G, E611G), (A173G), (I12S), (L94K), (I77T) y (P289S), que contienen uno o dos SNPs relacionados con en una población de arroz secuenciada / compuesta por 550 accesiones. Sobre la base de los SNPs, la población se categorizó en 21 haplotipos (Haps), cada uno de los cuales contenía al menos cuatro de los siete genes. Para evaluar precisamente cada SNP, se eligieron variedades de arroz agrupadas que solo diferían en un SNP de dos Haps para tratamiento de sal con 150 mM de NaCl durante 7 d. Los resultados revelaron que mostró hasta un 88.6% de mejora en la tolerancia a la sal considerando el peso fresco relativo del brote (rSFW). Alternativamente, , , y mostraron una mejora en rSFW del 38.6%, 37%, 27.5% y 19.0%, respectivamente, indicando que contribuyen con diferentes efectos genéticos para ST. no mostró función con el tratamiento de sal durante 7 d, pero mostró una mejora del 37.9% en rSFW con el tratamiento de sal durante 14 d. Además, encontramos que la expresión de estaba correlacionada positivamente con y participaba condicionalmente en la ST dependiendo de . Interesantemente, se informó previamente que estaba asociado con la sensibilidad a la sal, pero se encontró que estaba asociado con la tolerancia a la sal en este estudio. En general, nuestros resultados proporcionan una mayor comprensión del mecanismo y la mejora de la selección asistida por marcadores de ST en el arroz / .