Se evaluó y comparó la variación genética y la estructura poblacional del gen N (nucleocápside) y parte del gen L (replicasa) de 13 aislados del virus enano moteado de la berenjena (EMDV) de España con secuencias de aislados de EMDV de otros países recuperadas de GenBank. La inferencia filogenética de parte del gen L mostró tres clados principales, uno que contenía un aislado de EMDV de Australia y los otros dos que contenían aislados de Irán y Europa, así como cuatro subclados. Los aislados de EMDV de España eran genéticamente muy similares y se agruparon en un subclado junto con un aislado de Alemania y uno del Reino Unido. No se detectaron nuevos eventos de recombinación además de una recombinación previamente reportada, lo que sugiere que la recombinación es rara para el EMDV. La comparación de tasas sinónimas y no sinónimas mostró que la selección negativa jugó un papel importante, y solo dos codones estaban bajo selección positiva. Los análisis de diferenciación genética (prueba F), filogenética y diversidad de nucleótidos sugieren una introducción única de EMDV a España y un bajo flujo génico con otros países. En contraste, Grecia e Italia mostraron poblaciones diversas con un alto flujo génico entre ambas.