El frío reduce la producción de maíz (L.) y retrasa las siembras. La tolerancia al frío en el maíz es muy limitada, y la crianza de maíz para la tolerancia al frío sigue siendo un desafío importante. Nuestro objetivo era detectar QTL para la tolerancia al frío en las etapas de germinación y plántula. Evaluamos, bajo condiciones de frío y control, 919 líneas puras Dent y 1009 Flint de dos diseños de mapeo de asociación anidados que consisten en 24 poblaciones de doble haploide, genotipadas con 56,110 SNPs. Encontramos una gran diversidad de tolerancia al frío en el maíz dentro de estas poblaciones NAM. Detectamos un QTL para el peso de la planta y cuatro para la fluorescencia en condiciones de frío, así como uno para el peso de la planta y dos para el contenido de clorofila en condiciones de control en el Dent-NAM. Hubo menos QTL significativos en condiciones de control que en condiciones de frío, y la mitad de los QTL fueron para la eficiencia cuántica del fotosistema II. Nuestros resultados respaldaron la gran discrepancia genética entre temperaturas óptimas y bajas, ya que la cantidad y la posición de los QTL fueron muy variables entre las condiciones de control y frío. Además, como no hemos encontrado alelos con efectos significativos en estos diseños NAM, se necesitan estudios adicionales con otros diseños experimentales para encontrar alelos favorables con efectos importantes para mejorar la tolerancia al frío en el maíz.