La selección de ganado para la resistencia a enfermedades es un desafío debido a la dificultad de obtener fenotipos fiables. Los anticuerpos son moléculas inmunológicas que proporcionan defensas directas e indirectas contra infecciones y vinculan las actividades de los compartimentos innato y adaptativo del sistema inmunológico. Como resultado, los anticuerpos se han utilizado como un rasgo en la selección para la defensa inmunológica. El objetivo de este estudio fue identificar regiones genómicas asociadas con anticuerpos naturales e inducidos en pollos utilizando secuenciación de bajo paso. Se utilizaron ensayos inmunoabsorbentes ligados a enzimas para cuantificar anticuerpos innatos (naturales) que se unen a KLH, OVA y PHA, y anticuerpos inducidos (adaptativos) que se unen a IBD, IBV, NDV y REO. Recogimos plasma de cuatro líneas de Leghorn Blanco (WL), dos de Plymouth Rock Blanco (WPR) y dos de Rhode Island Red (RIR). El número de muestras osciló entre 198 y 785 por raza. Se realizó un GWAS dentro de la raza sobre datos preajustados para efectos de Línea-Criadero-Sexo utilizando GCTA. Se utilizó un umbral de = 10 para seleccionar genes para la anotación y análisis de enriquecimiento posteriores con SNPEff y Panther. Se encontró un enriquecimiento significativo para la proteína de defensa/inmunidad, la superfamilia de receptores de inmunoglobulina y la proteína de respuesta antimicrobiana en RIR; y la superfamilia de receptores de inmunoglobulina, la proteína de defensa/inmunidad y la enzima modificadora de proteínas en WL. Sin embargo, ninguno estaba presente en WPR, pero algunos de los SNP seleccionados fueron anotados en vías inmunitarias. Este estudio proporciona nuevas perspectivas sobre la genética de la respuesta de anticuerpos en pollos de puesta.