La genética del desarrollo evolutivo se ha llevado a cabo tradicionalmente por dos grupos: los evolucionistas moleculares que enfatizan la divergencia entre especies o taxones superiores, y los genetistas cuantitativos que estudian la variación dentro de las especies. Ninguno de los dos enfoques realmente aborda las complejidades de las transiciones evolutivas, particularmente a la luz de la realización a partir de estudios de asociación a nivel genómico de que la mayoría de los rasgos complejos se ajustan a una arquitectura infinitesimal, siendo influenciados por miles de loci. Este artículo discute la robustez, la plasticidad y la labilidad, fenómenos que argumentamos potencian cambios evolutivos importantes y proporcionan un puente entre los tratamientos conceptuales de la macro- y micro-evolución. Ofrecemos variación genética críptica y neutralidad condicional como mecanismos mediante los cuales la variación genética existente puede llevar a la deriva del sistema de desarrollo y, resguardada dentro de procesos canalizados, puede facilitar transiciones de desarrollo y la evolución de la novedad. La síntesis de las dos perspectivas dominantes requerirá el reconocimiento de que la adaptación, la divergencia, la deriva y la estabilidad dependen de procesos genéticos cuantitativos subyacentes similares, procesos que no pueden ser completamente observados en rasgos visibles que varían continuamente.