Descifrar la base genética relacionada con la puesta de huevos y agregar sus genes clave o marcadores genéticos será útil para la mejora genética de la cría de gallinas ponedoras. Nuestra investigación anterior encontró que el gen de la subunidad 1 del complejo de proteínas adaptadoras relacionado con la proteína mu 2 es un candidato clave relacionado con la producción de huevos. Sin embargo, sus funciones y mecanismos regulatorios genéticos siguen siendo poco claros. Este estudio tiene como objetivo aclarar las funciones e identificar sus variantes funcionales. El análisis de características de expresión dentro y entre razas confirmó la relación reguladora negativa de la expresión hipotalámica sobre la producción de huevos. Las pruebas de sobreexpresión e interferencia indicaron que se inhibió la síntesis y secreción de GnRH en las células neuronales hipotalámicas de gallinas. Para explorar marcadores moleculares que influyen en la expresión, se verificó una región de variación en el número de copias (CNV) en diferentes razas de gallinas mediante qRT-PCR; se observó una pérdida de número de copias en las ponedoras en comparación con razas nativas, broilers comerciales y razas silvestres. El análisis de correlación entre CNV y número de huevos, así como el análisis de expresión diferencial de diferentes números de copias, indicó que el CNV contribuyó a las diferencias en la producción de huevos al influir en la expresión. Mientras tanto, a través del análisis de asociación de SNPs de todo el genoma con 13 rasgos de producción de huevos, se identificaron 15 SNPs relacionados con la puesta de huevos. Un análisis de expresión diferencial entre los diferentes genotipos de SNPs y un ensayo de reportero de dual-luciferasa confirmaron que chr9:15994879T>C era un SNP funcional que regula la expresión. Estos hallazgos revelan que los marcadores moleculares funcionales relacionados con la puesta de huevos ayudarán a acelerar el proceso de cría por diseño molecular en la producción de huevos de gallina.