En este estudio, se utilizó una población de líneas recombinantes endogámicas (RIL) de Glutinous rice 89-1 (Gr 89-1) x Shuhui 527, que consta de 309 generaciones F, para analizar marcadores moleculares en gradiente. Se investigó la variación fenotípica y distribución de ocho rasgos agronómicos obtenidos de muestras de varios años y ubicaciones, así como las relaciones de expresión en red entre los rasgos agronómicos y los marcadores moleculares. Los resultados mostraron que había 14 líneas fenotípicas con diferencias significativas en los RIL, y los resultados de las pruebas moleculares de la mayoría de las líneas fueron consistentes con el fenotipo. El grado de correlación entre los marcadores moleculares de primer nivel y los ocho rasgos agronómicos fue del 100%. Excluyendo las correlaciones de los marcadores de tercer nivel con el ancho y la longitud del grano, el grado de correlación entre los marcadores moleculares y los rasgos agronómicos disminuyó con el aumento en los niveles de marcadores. Los RIL se dividieron en ocho poblaciones nucleares y una población aproximada, revelando una correspondencia genética entre los rasgos agronómicos y los marcadores moleculares.