La altura de la planta es un rasgo agronómico importante asociado con la arquitectura de la planta y el rendimiento de grano en el arroz (L.). En este estudio, informamos sobre la identificación de loci de rasgos cuantitativos (QTL) para la altura de la planta utilizando una población de líneas de sustitución de segmentos cromosómicos (CSSL) con segmentos sustituidos de la variedad Nipponbare (NIP) en el fondo de la variedad 9311. Se identificaron ocho QTL estables para la altura de la planta en tres entornos. Entre ellos, seis loci se co-localizaron con genes conocidos como () y () involucrados en la biosíntesis de giberelinas. Un QTL menor en el cromosoma 8 fue verificado y mapeado finamente a una región de 74 kb. La comparación de secuencias de la región genómica reveló la presencia/ausencia de una inserción de 42 kb entre NIP y 9311. Esta inserción ocurrió predominantemente en arroz de clima templado. Las comparaciones en las líneas casi isogénicas mostraron que el alelo de NIP exhibe efectos pleiotrópicos en el crecimiento de la planta, incluyendo una altura de planta reducida, longitud de hoja, capacidad fotosintética, fecha de espigado retrasada, rendimiento disminuido y un ángulo de macollaje aumentado. Estos resultados indican que los factores de clima templado tienen efectos adversos en el crecimiento de la planta y el rendimiento cuando se introducen en el arroz, destacando la importancia de los programas de cría de cruces entre subespecies.