Entre las instalaciones de horticultura en Corea, el método de cultivo hidropónico ha sido cada vez más utilizado. Este estudio tuvo como objetivo identificar especies de hongos y bacterias en el cultivo hidropónico y resaltar la necesidad de esterilización para reciclar el drenaje desechado. Se tomaron muestras de varios invernaderos hidropónicos de pimientos, tomates y fresas. Se estudiaron invernaderos de vinilo y vidrio, y el drenaje se clasificó en dos tipos: descarga directa y recolección después de la descarga. En total, se detectaron 24 especies de hongos y seis de bacterias a partir de 399 y 151 densidades, respectivamente. Las especies principales de hongos y bacterias identificadas fueron de los géneros Fusarium, Pythium y Phytophthora, así como Agrobacterium y Pseudomonas. El análisis estadístico reveló que el número y la densidad de especies de hongos y bacterias eran mayores en fresas que en tomates o pimientos. Estos valores fueron más altos para los invernaderos de vinilo que para los de vidrio. Este estudio sobre el reuso del drenaje de invernaderos hidropónicos puede contribuir al reciclaje de recursos y la reducción de la emisión de contaminantes en el agua; esto nos ayudará a implementar prácticas de horticultura sostenible.