El virus de la enfermedad infecciosa de la bolsa (IBDV) representa una carga significativa para la producción avícola y el mercado, tanto por la enfermedad directa como por la inmunosupresión inducida. En el presente estudio, se evaluó la expresión de diferentes citoquinas en la bolsa de Fabricio y el timo durante una infección experimental de 28 días con dos cepas clasificadas en los genogrupos G1a (Clásico) y G6 (ITA). Aunque ambas cepas afectaron y modularon significativamente la expresión de diferentes moléculas, la cepa G6 pareció inducir una respuesta inmune retrasada o suprimirla más rápidamente. Se observó una recuperación en la expresión de varios mediadores en el grupo infectado con G1a al final del estudio, pero no en el de G6, lo que apoya aún más una inmunosupresión más persistente. Esta evidencia se alinea con el nivel de replicación más alto reportado previamente para el G6 y con el resultado clínico, ya que este genotipo, aunque subclínico, a menudo se ha considerado más inmunosupresor. Sin embargo, a diferencia de otros estudios centrados en períodos de tiempo más cortos después de la infección, los patrones observados en este documento fueron altamente variables y complejos, dependiendo de la cepa, el tejido y el momento, y caracterizados por una variabilidad dentro del grupo no despreciable. Además de confirmar el efecto de la cepa/genogrupo en la modulación del sistema inmunológico, el presente estudio sugiere la utilidad de actividades de monitoreo más prolongadas después de la infección experimental para comprender mejor los patrones complejos y las interacciones con la respuesta del huésped.