El color juega un papel clave en la comunicación social de los animales, incluyendo como un indicador de la calidad individual. Utilizando espectrofotometría, examinamos la variación de color en la garganta y el vientre del lagarto cocodrilo, una especie en peligro de extinción nativa del sur de China y el norte de Vietnam. Detectamos dos amplias variantes de color, individuos con y sin rojo, para cada región del cuerpo y cada sexo. Un análisis de clúster de las mediciones espectrales de color (matiz, croma, luminancia) reveló morfos discretos en la garganta y el vientre cuando se midieron en un solo instante en el tiempo. Sin embargo, la evidencia fotográfica reveló que la cantidad de rojo en relación con el tamaño del cuerpo aumentaba a medida que envejecían. Los individuos con rojo tenían la misma probabilidad de ser machos o hembras y el color de la garganta no estaba relacionado con el color del vientre. Por lo tanto, es prematuro afirmar que los lagartos cocodrilo tienen morfos de color discretos. Utilizamos modelado visual para mostrar que la garganta y el vientre eran fácilmente discriminables para el sistema visual de un lagarto, lo que sugiere que funcionan en la comunicación social. También preguntamos si la variación de color señalaba la calidad individual. Las hembras con gargantas rojas tenían una mayor fuerza de mordida, mientras que los machos con gargantas rojas eran mayores. Además, las hembras con vientres rojos tenían cabezas más grandes. También detectamos diferencias en la morfología vinculadas al color. Las hembras con gargantas rojas tenían cuerpos esbeltos y colas más largas, mientras que los individuos que carecían de rojo en sus gargantas eran más robustos y tenían colas más cortas. Finalmente, el color de la garganta y el vientre no estaban relacionados con la producción reproductiva (tamaño y masa de la camada) en las hembras. Los machos con mayor contraste de luminancia ventral engendraron crías de camadas con mayor masa de camada (incluyendo mortinatos), mientras que los machos con mayor contraste cromático ventral engendraron crías cuya masa viva colectiva (excluyendo mortinatos) era mayor. Los machos con mayor contraste de luminancia también engendraron más crías vivas (excluyendo mortinatos). Colectivamente, estos resultados sugieren que el color ventral de los machos señala la calidad individual en los machos. Las iniciativas de conservación deberían tener en cuenta la variación de color al planificar futuros programas de cría en cautiverio y liberación para esta especie en peligro de extinción.