La mostaza, que pertenece a la familia Brassicaceae, es una hierba anual o bienal y es considerada como una de las verduras nativas más importantes en China. Los glucosinolatos son importantes metabolitos secundarios que contienen azufre y nitrógeno en las plantas, los cuales forman una red con otras vías metabólicas que desempeñan roles importantes en el crecimiento de las plantas, el desarrollo y la interacción con el entorno. Estudiamos diversos fenotipos y contenidos de glucosinolatos de 60 recursos de mostaza recolectados de varias áreas de China. Los resultados mostraron que tanto los rasgos agronómicos como los glucosinolatos variaban ampliamente entre los recursos de mostaza. Detectamos nueve glucosinolatos en los recursos de mostaza y los contenidos de glucosinolatos totales variaban de 1.2023 a 30.7310 mol/g. A través del análisis de correlación, encontramos preliminarmente una correlación negativa significativa entre el color de las hojas y los contenidos de glucosinolatos pero se necesita una validación adicional. Para el recurso de mostaza JC 18-56, analizamos los contenidos de glucosinolatos en diferentes órganos de diferentes etapas de crecimiento. Los resultados indicaron una diferencia significativa entre los órganos en cuanto a la concentración y composición de glucosinolatos. Los contenidos de glucosinolatos en los alabastrums en la etapa de formación de tallos fueron los más altos, llegando hasta 140.1257 mol/g de peso seco (PS). Encontramos que los principales glucosinolatos en las raíces eran 4-metoxiglucobrassicina, mientras que en otros órganos los glucosinolatos eran sinigrina. Los contenidos de glucosinolatos en diferentes órganos de la mostaza fueron los siguientes: alabastrums > semillas > flores > silicuas > hojas > tallos de flores > tallos > raíces. Este estudio proporciona referencias importantes para la selección y cultivo de variedades de mostaza de alta calidad.