Objetivo: Se evaluó la variación en la composición de especies de ciliados planctónicos en diferentes estratos del lago Guaraná, abarcando los períodos de aguas altas y bajas, en la planicie de inundación del alto río Paraná.

Métodos: Los muestreos se realizaron mensualmente entre marzo de 2007 y febrero de 2008, en el epilimnio, metalimnio e hipolimnio. Las muestras de ciliados fueron filtradas con una red de plancton de 10 µm de malla y se identificaron in vivo bajo un microscopio óptico.

Resultados: De las 112 especies identificadas, 13 se encontraron exclusivamente durante el período de aguas altas y 39 durante el de aguas bajas. Los resultados de los índices de extrapolación no paramétricos evidenciaron que la riqueza observada representó entre el 70 % y el 90 % de la riqueza estimada. En cuanto a la variación en la composición de especies, el índice Beta₁ mostró que la alteración en la composición entre estratos durante el período de aguas bajas fue ligeramente mayor que la registrada durante el de aguas altas. El análisis de conglomerados evidenció una mayor disimilitud en la composición de especies de ciliados entre períodos que entre los diferentes estratos. La mayor variación en la composición de especies se verificó entre los distintos períodos hidrológicos, mientras que no se observaron diferencias significativas entre los estratos analizados.

Conclusiones: Se encontró que en el compartimento pelágico, la composición de especies de ciliados varió significativamente entre los períodos hidrológicos, observándose una mayor similitud en la composición de especies entre estratos durante el período de aguas altas. Por lo tanto, las alteraciones en la distribución vertical parecen estar relacionadas con el efecto homogeneizador de las inundaciones sobre la estabilidad de la columna de agua.