El presente estudio se llevó a cabo para evaluar la comunidad fitoplanctónica y la calidad del agua en cuatro estanques paralelos (FP1 a FP4) durante un año. Se muestrearon algunos parámetros abióticos de la columna de agua y del fitoplancton en cuatro sitios, uno en cada estanque. El análisis de similitud mostró que el estanque FP2 presentó diferencias significativas con respecto a los demás estanques en cuanto a la comunidad fitoplanctónica. Los parámetros de conductividad, ortofosfato, temperatura, SST y dureza fueron significativamente diferentes (p<0,05) entre los estanques, y todos los parámetros limnológicos fueron significativamente diferentes (p<0,01) entre los meses. La materia orgánica y el fósforo del sedimento fueron significativamente diferentes (p<0,01) solo entre los estanques. En el presente estudio, se observaron clorofíceas y bacilares en la mayoría de los meses. La densidad de cianobacterias en abril y mayo fue mayor en todos los estanques. El FP3 representó el 71,4 % en abril y el FP1 el 78,7 % en mayo del total reportado, con un contenido de clorofila-a inferior a 41 mg.L–1. Los parámetros físicos y químicos del agua de los estanques mostraron una relación entre estos y la presencia de algas. Sin embargo, el presente estudio indicó que las cianobacterias fueron más frecuentes en los estanques después del período de engorde de los peces (abril), y la calidad del agua debería monitorearse con mayor frecuencia durante este período, debido al alto contenido total de fósforo, ortofosfato y clorofila-a.