Se estudiaron las características limnológicas de dos embalses en los períodos seco (agosto de 2013) y lluvioso (enero de 2014) para evaluar la calidad del agua que abastece a la ciudad de Guarulhos, sureste de Brasil. Se recolectaron muestras de agua en tres profundidades y se midieron las siguientes características: alcalinidad, O₂ disuelto, CO₂ libre y total, HCO₃, sílice reactiva soluble, nitrógeno y fósforo disueltos y totales, y clorofila-a. También se midió la transparencia del agua y se obtuvieron perfiles de temperatura, pH y conductividad eléctrica. Se observó una gran variabilidad estacional y espacial en las características del agua de los embalses. Se registraron altos valores de transparencia del agua, disponibilidad de CO₂ libre y bajos valores de pH, sílice reactiva soluble y nutrientes totales y disueltos en el período seco, mientras que se observaron diferentes condiciones en la época de lluvias. Los dos embalses se caracterizaron por bajos niveles de nutrientes, clorofila-a y turbidez, así como alta transparencia, características típicas de los sistemas oligotróficos. Los dos embalses aún se encuentran en condiciones de bajo impacto antropogénico y actualmente se consideran sistemas de referencia para la RMSP de la Región Metropolitana de São Paulo. Se enfatiza la necesidad de implementar acciones que reduzcan el aporte de nutrientes de las ciudades vecinas y los principales afluentes de la cuenca hidrográfica para mantener la calidad ecológica de los embalses y sus condiciones de referencia entre los embalses de la RMSP.