Se estudió la variación estacional de la comunidad protozooplanctónica (ciliados y amebas testadas) en un reservorio oligotrófico tropical en Brasil, bajo la influencia de dos estaciones climáticas contrastantes (lluviosa/cálida y seca/fría). El objetivo de este estudio fue evaluar el efecto de estos cambios climáticos sobre las variables físicas, químicas y biológicas en la dinámica de esta comunidad. La mayor densidad media de protozoos totales se registró en la estación lluviosa/cálida (5683,2 ind L–1), mientras que la menor se registró en la seca/fría (2016,0 ind L–1). Considerando las variaciones estacionales, los grupos de protozoos verdaderamente planctónicos, como los oligotricos (Spirotrichea), predominaron en la estación seca, mientras que durante la estación lluviosa, debido al aporte de material y la resuspensión de sedimentos, los protozoos sésiles del grupo Peritrichia fueron los más importantes. Los protozoos dominantes fueron Urotricha globosa, Cothurnia annulata, Pseudodifflugia sp. y Halteria grandinella. Las mayores densidades de H. grandinella se asociaron con aguas más oxigenadas y transparentes, mientras que las mayores densidades de C. annulata se observaron en sitios con alta turbidez, pH e índice de estado trófico (IST). El estudio demostró que la densidad y la composición de las especies y grupos protozooplanctónicos del embalse sufrieron variaciones estacionales debido a variables ambientales (principalmente temperatura, turbidez, transparencia del agua, oxígeno disuelto e IST) y biológicas (p. ej., características morfológicas, hábitos alimentarios y estrategias de escape ante la depredación de las especies).