Las características limnológicas y la comunidad fitoplanctónica de la región pelágica del río São João, afluente del río Iguazú, Parque Nacional Iguazú, se analizaron entre agosto de 2008 y julio de 2009. Se identificaron 221 taxones, siendo la clase Bacillariophyceae la más representativa. Bacillariophyceae y Chrysophyceae fueron las clases dominantes en densidad, y Bacillariophyceae en biovolumen. Según el análisis de densidad y distribución (DAC) realizado para la densidad y el biovolumen del fitoplancton, se identificaron diferencias significativas entre los períodos, y entre los sitios y los períodos de estudio, respectivamente. La mayor riqueza de especies alcanzó 40 taxones en septiembre de 2008 en la estación 1. Los índices de diversidad y uniformidad de Shannon-Wiener, calculados a partir de la densidad del fitoplancton, fueron temporalmente heterogéneos y espacialmente similares. En general, las variaciones temporales significativas en la composición de la comunidad fitoplanctónica se debieron a variaciones en las condiciones limnológicas, principalmente temperatura, transparencia y nutrientes. Espacialmente, la estructura fue más similar debido a la proximidad entre las estaciones. Además, la similitud en la distribución de las comunidades en ambientes lóticos se debió al flujo unidireccional.