Este estudio tiene como objetivo evaluar los factores ambientales que determinan los cambios en la estructura del fitoplancton a escala espacial (curso superior, medio e inferior) y estacional (período seco y lluvioso) en un río eutrófico (río Almada, noreste de Brasil). Durante el período de estudio, la precipitación total acumulada fue inferior al promedio histórico, lo que provocó una reducción del caudal, principalmente en el período lluvioso. Se encontró una alta concentración de ortofosfatos en los sitios de muestreo. La clorofila a del fitoplancton aumentó de aguas arriba a aguas abajo. Geitlerinema splendidum (S1) y Chlamydomonas sp. (X2) fueron las especies más abundantes en el curso superior, y varias especies de diatomeas (D), Euglenophyceae (W1, W2) y Chlorophyceae (X1) en los cursos medio e inferior. Los grupos funcionales resultaron ser característicos de un ecosistema lótico, poco profundo, con baja disponibilidad de luz, rico en materia orgánica y ambientes eutróficos. Concluimos que la estructura de la comunidad de fitoplancton fue sensible a los cambios en el caudal del río y la disponibilidad de nutrientes a escala espacial y estacional en un río tropical.