Objetivo: Este estudio caracterizó la calidad del agua en el bajo río São Francisco (noreste de Brasil). Esta investigación representa el primer trabajo realizado en el sector inferior del río São Francisco con el objetivo de cuantificar y comparar variables limnológicas durante tres años diferentes (2001, 2004 y 2007).

Métodos: Se recolectaron muestras de agua en una sección transversal del río a intervalos mensuales en la capa superficial. La temperatura, conductividad, pH y oxígeno disuelto se obtuvieron mediante una sonda multiparamétrica YSI-6600. También se determinaron los nutrientes inorgánicos disueltos (amonio, nitrito, nitrato, fósforo disuelto y silicatos), clorofila-a y sedimentos suspendidos totales (TSS).

Resultados: Los tres años hidrológicos mostraron diferencias en las tasas de precipitación y condiciones de descarga. El año 2001 presentó tasas de precipitación por debajo de la serie histórica de lluvias. La temperatura media anual del agua mostró diferencias insignificantes entre los tres años. Las concentraciones de nutrientes inorgánicos disueltos fueron más altas en 2004, siendo el amonio y el nitrato significativamente diferentes entre los años (p<0,05); este último presentó la mayor concentración de nitrógeno inorgánico disuelto. La clorofila-a mostró una ligera variación entre los años.

Conclusiones: La intensidad de la precipitación tiene un impacto directo sobre la descarga del río São Francisco, pero la distribución geográfica de la precipitación también es un factor determinante para las alteraciones en las características químicas y físicas del agua que llega al sector inferior del río São Francisco.