El propósito del estudio fue investigar la variabilidad genética de las poblaciones de ganado lechero lituano rojo y rojo y blanco (LRWP) y lituano negro y blanco (LBWP) y señalar las diferencias con los antiguos genotipos de ganado lituano negro y blanco (LBW) y ganado lituano rojo (LR), que actualmente están bajo un programa de conservación. Para obtener una mejor comprensión de las poblaciones bajo conservación y minimizar la influencia potencial de otras razas, se formó un subgrupo distinto que comprendía animales cuyos padres pertenecían a la misma raza (LR_puro y LBW_puro). La variabilidad genética se estimó utilizando el número de fundadores, la completitud del pedigrí, el número de machos y hembras en reproducción y la distribución por edades, el intervalo generacional (GI), el coeficiente de consanguinidad (F) y el tamaño efectivo de la población (Ne). Los valores promedio más altos de completitud del pedigrí en las segundas generaciones de los antiguos genotipos LR y LBW fueron del 100%. Las edades más altas de las hembras en las poblaciones bajo conservación estaban relacionadas con un mayor GI y su mayor esperanza de vida. En 2021, la edad reproductiva de los toros utilizados para la inseminación dentro de estas poblaciones osciló entre 5.1 y 27.8 años. Las proporciones de machos que producían descendencia en su edad avanzada indican que se utilizó semen del banco genético nacional de empresas de inseminación artificial comercial. El GI (>5) en hembras de LR y LBW fue mayor que en LRWP y LBWP. El análisis de los datos durante el período de 15 años mostró que el GI de los machos en LRWP y LBWP disminuyó igualmente en un 38%, mientras que en la población LR_puro, aumentó en un 80%. Se encontró un alto coeficiente de consanguinidad promedio (9.24%) en animales endogámicos de la población LR_puro, mientras que en LBW_puro fue del 5.35% en 2021. El coeficiente de consanguinidad varió dentro de las diferentes poblaciones de ganado. En la población LR abierta, osciló entre el 1.48% y el 2.7%, mientras que en la población LRWP se situó entre el 2.12% y el 3.72%. El tamaño efectivo de la población más bajo (Ne) en relación con la tasa de consanguinidad se observó en LBW_puro (23) y LR_puro (59), con el Ne más alto identificado en la población LBWP (462). Al considerar el Ne basado en el número de padres, LR_puro mostró el Ne más bajo (42), mientras que el Ne más alto se encontró en LBWP (4449). Un análisis de las poblaciones locales de ganado revela que LR enfrenta la situación más crítica. Esta población en particular ha estado disminuyendo de manera constante durante varios años, lo que requiere medidas y esfuerzos adicionales para salvaguardar la herencia genética ancestral de LR. Los resultados del análisis de LBWP también destacan una tendencia preocupante. Incluso en poblaciones muy grandes con programas de cría abierta, el tamaño efectivo de la población por generación puede experimentar una disminución significativa.