Maytenus ilicifolia es una planta medicinal ampliamente utilizada en la medicina popular del sur de Brasil. El objetivo de este estudio fue cuantificar la variabilidad genética intra e interpoblacional en tres poblaciones de M. ilicifolia, centrándose en la conservación genética de esta especie, amenazada por la acción antrópica. Se utilizaron marcadores RAPD (ADN Polimórfico Amplificado Aleatorio) para analizar 30 plantas de cada una de las tres poblaciones recolectadas en la región del Alto Uruguay Gaúcho. Catorce cebadores seleccionados generaron un total de 158 bandas, de las cuales el 71,5% fueron polimórficas. La comparación de las distancias de Jaccard mostró que la variación intrapoblacional fue mayor que la variabilidad interpoblacional, y el análisis de conglomerados permitió la separación de las tres poblaciones. Solo el 7,6% de las bandas fueron específicas de al menos dos poblaciones. Los datos indican que las poblaciones de M. ilicifolia analizadas representan un único acervo genético y, por lo tanto, cualquier parte de la población puede representar en su totalidad la variabilidad genética general de la especie en la región muestreada.