A pesar de que las enfermedades fúngicas afectan las partes aéreas de la yuca (Crantz) y causan pérdidas significativas en el rendimiento, hay una falta de estudios exhaustivos que evalúen la resistencia en el germoplasma de la especie. Este estudio tuvo como objetivo evaluar la diversidad fenotípica para la resistencia a la enfermedad de antracnosis (CAD), mancha foliar (BliLS), mancha foliar marrón (BLS) y mancha foliar blanca (WLS) en el germoplasma de yuca e identificar genotipos adecuados para fines de mejoramiento. Se evaluaron un total de 837 genotipos en condiciones de campo a lo largo de dos ciclos de producción (2021 y 2022). Se realizaron inoculaciones artificiales en el campo, y se recopilaron datos sobre rendimiento y severidad de la enfermedad utilizando una escala de calificación estandarizada. Se seleccionaron los 25 mejores genotipos de yuca en función de un índice de selección para la resistencia a enfermedades y rasgos agronómicos. La alta variabilidad ambiental resultó en bajas heredabilidades para CAD, WLS y BLS (0.42, 0.34, 0.29, respectivamente) y una heredabilidad moderada para BliLS (0.51). Aunque el rango de datos para la resistencia a enfermedades fue estrecho, fue considerablemente más amplio para los rasgos de rendimiento. El análisis de clúster reveló que los rasgos de rendimiento aumentados y la severidad de la enfermedad estaban asociados con puntuaciones más altas de las primeras y segundas funciones discriminantes, respectivamente. Así, la mayoría de los clústeres comprendían genotipos con características híbridas para ambos rasgos. En general, hubo una fuerte correlación entre las enfermedades aéreas, particularmente entre BLS y BliLS (0.96), mientras que la correlación entre CAD y otras enfermedades osciló entre 0.53 y 0.58. Los rasgos de rendimiento no mostraron correlaciones significativas con la resistencia a enfermedades. Aunque el diferencial medio de selección para la resistencia a enfermedades fue modesto (entre -2.31% y -3.61%), la selección basada en rasgos de rendimiento mostró resultados prometedores, particularmente para el rendimiento de raíces frescas (82%), rendimiento de raíces secas (39%), rendimiento de brotes (49%) y vigor de la planta (26%). Este estudio contribuye a mejorar los avances genéticos para la resistencia a las principales enfermedades de las partes aéreas y a mejorar los rasgos de rendimiento en los programas de mejoramiento de yuca.