Las muestras ambientales se utilizan a menudo para clasificar el estado de paratuberculosis de los rebaños de ganado. La enfermedad es causada por subsp. (MAP), predominantemente a través de la ingestión oral durante la infancia. En este estudio exploratorio, se determinó la presencia de MAP en el entorno del establo de un rebaño de cabras lecheras vacunadas infectadas por paratuberculosis. Se recolectaron un total de 256 muestras de cama, polvo, alimento y agua en ocho momentos y se examinaron utilizando cultivo y qPCR. Se compararon las tasas de detección de ambos métodos y se identificaron factores que determinan la confirmación de MAP. Se cultivó MAP de 28 muestras de cama y una de polvo, mientras que se detectó ADN de MAP en todos los materiales (117/256). Las muestras de áreas de alto tráfico animal y las recolectadas durante la temporada de interior tenían más probabilidades de arrojar resultados positivos en cultivo y qPCR. El cultivo de MAP de los corrales de parto indicó esta área como un posible sitio de infección. El polvo demostró ser el material más adecuado para detectar ADN de MAP, mientras que la cama lo fue para el cultivo de MAP. Se demostró que la muestreo ambiental es una forma efectiva de detectar MAP en un rebaño de cabras lecheras. Los resultados de qPCR podrían confirmar la infección del rebaño, mientras que los resultados de cultivo proporcionaron información sobre áreas cruciales para la transmisión de MAP. Estos hallazgos deben ser considerados al diseñar planes de control de paratuberculosis específicos para la granja.