Este artículo examina las propiedades del agua de lagos (lagos de depresión, sensu Junk et al., 2012), canales (lagos de rollo con alta conectividad, sensu Junk et al., 2012) y paleocanales (lagos de rollo con baja conectividad, sensu Junk et al., 2012, llamados localmente ressacas) ubicados en la Reserva de Desarrollo Sostenible de Mamirauá, en la llanura aluvial de la Amazonía Central, Amazonas, Brasil. Se analizaron la temperatura superficial, la conductividad, el pH, el oxígeno disuelto, la turbidez, la transparencia, la materia orgánica e inorgánica en suspensión, la clorofila-a, la feofitina, el nitrógeno total, el fósforo total, y el carbono orgánico e inorgánico en las fases de pleamar de 2009 y estiaje de 2009 y 2010. Se aplicaron análisis estadísticos multivariados de 24 sistemas acuáticos (6 resacas, 12 lagos y 6 canales, 142 muestras) a las variables para: 1) cuantificar las diferencias entre los tipos de sistemas acuáticos; 2) evaluar cómo se ven afectadas dichas diferencias en las distintas fases del año hidrológico. En primer lugar, se analizó el conjunto completo de variables para evaluar las diferencias entre las fases del año hidrológico y los tipos de sistemas acuáticos mediante un diseño PERMANOVA cruzado de dos vías. Los resultados mostraron que todas las variables limnológicas medidas son distintas en relación con ambos factores: tipos de sistemas acuáticos y fases hidrológicas. En general, la magnitud y la amplitud de todas las variables fueron mayores en la fase de estiaje que en la de pleamar, excepto en la transparencia del agua en todos los tipos de sistemas acuáticos. PERMANOVA mostró que las diferencias entre los tipos de sistemas acuáticos y las fases hidrológicas de todas las variables fueron altamente significativas para ambos factores principales (tipo y fase) y para la interacción tipo x fase. Los patrones limnológicos de los sistemas acuáticos de la llanura aluvial amazónica son altamente dinámicos y dependen del entorno circundante, el pulso de crecida, el aporte del río principal y el tipo de sistema. Estos patrones muestran cómo los sistemas inalterados responden a la variabilidad natural en un entorno tan diverso, y cuán distintos son estos sistemas acuáticos, especialmente durante la fase de estiaje. Los sistemas acuáticos de la llanura aluvial de Mamirauá representan patrones limnológicos de áreas prácticamente inalteradas y pueden utilizarse como referencia futura para la comparación con áreas alteradas, como las del Bajo Amazonas, y como base para estudios sobre los efectos de las influencias antropogénicas y el cambio climático en el ecosistema acuático amazónico.