Una validación experimental de controladores PID de orden fraccional (FOPID), que fueron aplicados a un sistema de dos tanques acoplados, se presenta en este artículo. Se implementaron dos controladores FOPID, un FOPID continuo (cFOPID) y un FOPID discreto (dFOPID), en tiempo real. El proceso de ajuste de ganancias se realizó aplicando algoritmos genéticos considerando la función de costo con respecto al error de seguimiento y al esfuerzo de control. El proceso de optimización de ganancias se llevó a cabo directamente en el modelo no lineal de los dos tanques. La implementación en tiempo real utilizó una tarjeta National Instruments PCIe-6321 como sistema de adquisición de datos; para la interfaz, se utilizó un Simulink Matlab y Simulink Desktop Real-Time Toolbox. El rendimiento de los controladores fraccionales se comparó con el rendimiento de los controladores PID clásicos.