El pipeline reconstruye los órdenes de genes ancestrales y los contenidos cromosómicos de los genomas ancestrales en todos los vértices internos de un árbol filogenético. La estrategia consiste en acumular un gran número de adyacencias generalizadas, justificadas filogenéticamente para cada ancestro, para producir largos contigs ancestrales a través de un emparejamiento de peso máximo. Construye cromosomas contando las frecuencias de co-ocurrencias de contigs ancestrales en los genomas existentes, agrupándolos para cada ancestro y ordenándolos. El objetivo principal de este artículo es simular de cerca el proceso evolutivo que da origen al contenido génico y al orden de un conjunto de genomas existentes (seis monocotiledóneas distantes), y evaluar en qué medida una versión actualizada puede recuperar el genoma ancestral artificial en la raíz del árbol filogenético relacionado con los genomas simulados.