La germinación previa a la cosecha (PHS) del trigo representa un gran desafío para la seguridad alimentaria global debido a su impacto negativo en el rendimiento y la calidad del grano. En el presente estudio, realizamos la validación de marcadores previamente publicados o marcadores funcionales asociados con la resistencia a PHS en un panel de 200 cultivares de trigo adaptados a las condiciones del sureste de Europa. En experimentos de campo realizados en cuatro entornos en Croacia, se evaluó el índice de germinación (GI), y se detectaron interacciones genéticas, ambientales y genotipo-entorno significativas. La heredabilidad en sentido amplio para GI fue alta (0.86), confirmando el papel predominante de los factores genéticos en la determinación de la resistencia a PHS. Se analizaron veintidós marcadores SNP polimórficos por sus efectos sobre GI, de los cuales nueve marcadores de los cromosomas 3A, 3B, 4A, 5A y 7B mostraron efectos genotípicos significativos en todos los entornos, especialmente TaMKK3-A y wsnp_Ex_rep_c66324_64493429. Además, se identificaron nueve combinaciones de marcadores, que mostraron diferencias significativas en GI entre combinaciones alélicas. En general, este estudio elucida la base genética de la resistencia a PHS en cultivares de trigo adaptados a las condiciones agroclimáticas del sureste de Europa y proporciona información para estrategias de mejoramiento asistido por marcadores para mejorar la resistencia a PHS.